FAPAES té les seves arrels en les inter-assemblees d’APA’s del corresponent “Distrito Universitario de Cataluña y Baleares”, que en els anys 60 ja es desenvolupen periòdicament, fins que als inicis de la dècada dels 70 s’evidencià la urgent necessitat d’estructurar-se en Federació, per tal de coordinar totes aquelles accions de crítica i reivindicació de les estructures docents, existents aleshores.
El primer congrès de FAPAES va ser l’any 1969 a Manresa.
El primer projecte d’Estatuts va ser presentat el 13 de novembre de 1973 al “Registro General del Gobierno Civil”, i la federació es va denominar “Federación de Asociaciones de Padres de Alumnos de Institutos Nacionales de Bachillerato del Distrito Universitario de Cataluña y Balerares”.
A l’assemblea de l’any 1981, es va acordar redactar els estatuts en català i adaptar-los a la legislació del moment, i d’acord amb els representants de les APA’s de Balears, s’acorda la separació en els diferents àmbits autonòmics corresponents; la Federació va passar a denominar-se: “FAPA-IBC” (Federació d’Associacions de Pares d’Alumnes d’Instituts de Batxillerat de Catalunya).
A l’assemblea de l’any 1987, s’aprovà l’adaptació dels estatuts a l’immediat canvi que es va produït amb la reforma de l’Ensenyament Secundari, i acordà la denominació de FAPAES (Federació d’Associacions de Pares d’Alumnes d’Ensenyament Secundari de Catalunya).
Finalment, l’any 2015 hi ha una nova modificació d’estatuts en que la federació conserva les seves sigles FAPAES però, amb la finalitat d’englobar les noves realitats educatives de Catalunya, passa a anomenar-se Federació d’Associacions de Mares i Pares d’Alumnes d’estudis sufragats amb fons públics no universitaris de Catalunya.
Han estat presidents de FAPAES des dels primers Estatuts:
Francesc Coll 1973 – 1981
Enric Plana 1981 – 1982
Juli Roca 1982 – 1984
Joan Carles Sánchez 1984 – 1985
Carmen Lorenzo 1985 – 1989
Mª Teresa Vila 1989 – 1994
Jaume Castell 1994 – 1996
Carles Baeza 1996 – 2002
Antonio Marcos López 2002-2006
Pere Farriol 2006-2013
José López Bueno 2013 – 2018
Lluís Vila 2018 – actualment