FAPAES té les seves arrels en les inter-assemblees d’APA’s del corresponent “Distrito Universitario de Cataluña y Baleares”, que en els anys 60 ja es desenvolupen periòdicament, fins que als inicis de la dècada dels 70 s’evidencià la urgent necessitat d’estructurar-se en Federació, per tal de coordinar totes aquelles accions de crítica i reivindicació de les estructures docents, existents aleshores.

El primer congrès de FAPAES va ser l’any 1969 a Manresa.

El primer projecte d’Estatuts va ser presentat el 13 de novembre de 1973 al “Registro General del Gobierno Civil”, i la federació es va denominar “Federación de Asociaciones de Padres de Alumnos de Institutos Nacionales de Bachillerato del Distrito Universitario de Cataluña y Balerares”.

A l’assemblea de l’any 1981, es va acordar redactar els estatuts en català i adaptar-los a la legislació del moment, i d’acord amb els representants de les APA’s de Balears, s’acorda la separació en els diferents àmbits autonòmics corresponents; la Federació va passar a denominar-se: “FAPA-IBC” (Federació d’Associacions de Pares d’Alumnes d’Instituts de Batxillerat de Catalunya).

A l’assemblea de l’any 1987, s’aprovà l’adaptació dels estatuts a l’immediat canvi que es va produït amb la reforma de l’Ensenyament Secundari, i acordà la denominació de FAPAES (Federació d’Associacions de Pares d’Alumnes d’Ensenyament Secundari de Catalunya).

Finalment, l’any 2015 hi ha una nova modificació d’estatuts en que la federació conserva les seves sigles FAPAES però, amb la finalitat d’englobar les noves realitats educatives de Catalunya, passa a anomenar-se Federació d’Associacions de Mares i Pares d’Alumnes d’estudis sufragats amb fons públics no universitaris de Catalunya.

Han estat presidents de FAPAES des dels primers Estatuts:

Francesc Coll                   1973 – 1981

Enric Plana                      1981 – 1982

Juli Roca                          1982 – 1984

Joan Carles Sánchez       1984 – 1985

Carmen Lorenzo              1985 – 1989

Mª Teresa Vila                  1989 – 1994

Jaume Castell                   1994 – 1996

Carles Baeza                      1996 – 2002

Antonio Marcos López     2002-2006

Pere Farriol                        2006-2013

José López Bueno              2013 – 2017

Lluís Vila                              2017 – actualment